Azərbaycan Respublikası Prezidenti tərəfindən təsdiq edilmiş 2009-cu il 5 sentyabr tarixli 156 nömrəli “Təhsil haqqında” Azərbaycan Respublikası Qanununun tətbiq edilməsi barədə” Fərmanının 2.2-ci bəndinə əsasən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyasının, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının, Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin, Azərbaycan Respublikası İqtisadi İnkişaf Nazirliyinin və Azərbaycan Respublikası Tələbə Qəbulu üzrə Dövlət Komissiyasının razılaşdırılmış təkliflərini nəzərə alaraq, Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti tərəfindən qəbul olunmuş 2012-ci il 15 mart tarixli 65 №-li“Ali təhsilin doktorantura səviyyəsi üzrə ixtisasların Təsnifatı” barədə Qərara əsasən H.Ə. Əliyev adına Coğrafiya İnstitutu aşağıdakı ixtisaslar üzrə doktoranturada təhsil verir:
2508.01 - Geoekologiya
2529.01 - Xəritəşünaslıq və geoinformatika - Kartoqrafiya, xəritəşünaslıq və geoinformatika, kompüter kartoqrafiyası, istiqamətlərində tədqiqatları özündə birləşdirən elm sahəsi.
5401.01 - İqtisadi coğrafiya - İqtisadi coğrafiya coğrafi əmək bölgüsünün effektivliyinə əsaslanaraq qlobal, regional, dövlət, rayon və lokal (yerli) miqyasda cəmiyyətin məhsuldar qüvvələrinin ərazi təşkilini öyrənir. İqtisadi coğrafiyanın qarşısında duran əsas məsələ - nəzəri əsasların yaradılması, cəmiyyətin və onun ayrı–ayrı sahələrinin ərazi təşkilinin qanunauyğunluqlarının və əsas ideyalarının izahatı; təsərrüfat sahələrinin ərazi təşkilinin iqtisadi-sosial və ekoloji səmərəliliyi sahəsində, yerləşdirmə, infrastruktur və digər proses və müxtəlif miqyaslı hadisələrin sistemlərinə, həmçinin cəmiyyətin ərazi təşkilindəki dəyişikliklərin proqnozlaşdırılmasına dair praktik tövsiyələr verməkdir.
5402.01 - Tarixi coğrafiya, siyasi və rekreasiya coğrafiyası - müxtəlif tarixi və sosial şəraitdə əmək, məişət, istirahət şəraitini, şəxsiyyətin inkişafını, insanın həyat fəaliyyətinin, təkrar istehsalın və onun ətraf mühiti mənimsəməsini nəzərə alaraq insanların həyat fəaliyyətinin, turizm və rekreasiyanın ərazi təşkili formalarını və məkan xüsusiyyətlərini öyrənir. Siyasi coğrafiya - geosiyasi strukturların və dünyanın siyasi xəritəsinin formalaşmasını, planetin, onun regionları və ayrı – ayrı ölkələri çərçivəsində siyasi həyatın məkan təşkili və onların qarşılıqlı əlaqəsi ilə siyasi qüvvələrin yerləşmə və ərazi uyğunluqlarını öyrənir. Tarixi coğrafiya, siyasi və rekreasiya coğrafiyasının qarşısında duran əsas məsələ onların nəzəri əsaslarının yaradılması, tarixi-coğrafi proseslərin və sosial infrastrukturun ərazi təşkilinin qanunauyğunluqlarının, dünyanın siyasi xəritəsində baş verən dəyişikliklərin proqnozlaşdırılmasına dair praktik tövsiyələr verməkdir.
5403.01 - İnsan coğrafiyası - İqtisadi coğrafiyanın bir sahəsi kimi İnsan coğrafiyası əhali və yaşayış məntəqələrinin coğrafi qanunauyğunluqlarını, demoqrafik inkişafı, əhalinin yaş-cins, milli-etnik tərkibini, məskunlaşma sisteminin strukturunu, müxtəlif təbii, tarixi, sosial-iqtisadi şəraitdə tədqiq edir.
5404.01 - Regional coğrafiya - ölkələri, onların ayrı – ayrı rayonlarını öyrənən və onların təbiəti, coğrafi mövqeyi, əhalisi, təsərrüfatı, mədəniyyəti və sosial - siyasi təşkilatları haqqında ətraflı məlumatları sistemləşdirən kompleks elmdir.Regional coğrafiyanın qarşısında duran əsas məsələ onun nəzəri əsasların yaradılması, cəmiyyətin və ərazi təşkilinin qanunauyğunluqlarının regional və lokal miqyasda səmərəli ərazi təşkilini əsaslandırmaq və bu sahədə praktiki əhəmiyyət daşıyan tövsiyələr verməkdir.
5405.01 - Atmosfer elmləri - Atmosferin fizikası, meteorologiya, iqlimşünaslıq sahəsində tədqiqatları özündə birləşdirən elm sahəsi.
5406.01 – Hidrologiya - Fiziki coğrafiya sahəsində olan qurunun su obyektləri və onlarda keçən prosesləri, çay axımının zaman və məkan daxilində paylanma qanunauyğunluqlarını və suyun keyfiyyətini öyrənən elmi ixtisas
5407.01 – Okeanologiya - Dünya okeanında baş verən fiziki, kimyəvi, bioloji və s. Prosesləri, onların astronomik və antropogen amilləri nəzərə almaqla atmosfer və litosferdəki proseslərlə əlaqəsini öyrənən elmlər kompleksidir.
5408.01 - Fiziki coğrafiya və biocoğrafiya, torpaq coğrafiyası, landşaftların geofizikası və geokimyası - Fiziki coğrafiya və biocoğrafiya, torpaq coğrafiyası, landşaftların geofizikası və geokimyası Yerin landşaft sferasının və onun ayrı-ayrı tərkib hissələrinin (torpaq və bitki örtüyünün, heyvanat aləminin, iqlimin, relyefin, səth sularının, geoloji quruluşun və s.) daxili quruluşunu (strukturunu), yaranması, təkamülü və fəaliyyət mexanizmlərini tədqiq edən elm sahəsidir.
5409.01 - Geomorfologiya - Geomorfologiya, təkamül coğrafiya sahəsində tədqiqat sahələrini özündə birləşdirən elm sahəsi.
5410.01 - Qlyasiologiya və kriologiya - Qlyasiologiya və kriologiya müxtəlif tip təbii buzların – buzlaqların, yeraltı buzların, qar örtüyünün, qar uçqunlarının, dəniz və çay buzlarının, eləcə də buz əmələgəlmənin məcmunu kimi bütövlükdə Yerin kriosferinin mənşəyini, yayılmasını və təkamülünü öyrənən elm sahəsidir.
5411.01 – Meteorologiya – Meteorologiya, iqlimşünaslıq və aqrometeorologiya sahəsində tədqiqatları özündə birləşdirən elm sahəsi.